La reina Isabel la Católica, en su testamento de 1504, indicaba ya a su hija Juana, futura reina de Castilla:

“Encargo e mando a la dicha Princesa mi hija e al dicho Prí­ncipe su marido, que ansí­ lo hagan e cumplan, e que este sea su principal fin, e que en ello pongan mucha diligencia, e non consientan e den lugar que los indios vezinos e moradores en las dichas Indias e tierra firme, ganadas e por ganar, reciban agravio alguno en sus personas e bienes; mas mando que sea bien e justamente tratados. E si algún agravio han rescebido, lo remedien e provean,”

Igualmente la reina reaccionó negativamente con Colón cuando este decidió esclavizar a 400 indios y enviarlos a Sevilla para su venta. La orden fue taxativa: “Los indios son súbditos de Castilla y por ello no pueden ser esclavizados“. Los nativos ya vendidos fueron buscados y liberados y todos enviados de vuelta a las Indias. En 1500 la reina firmó una cédula en la que prohibía la esclavitud de los nativos. Es el primer reconocimiento del respeto debido a la dignidad y libertad de todos los hombres; principio que hasta entonces no se había proclamado en ninguna legislación, y mucho menos se había practicado en ningún país. En 1503 se manda fundar instituciones educativas en los territorios descubiertos, así como hospitales donde fuera urgente para atender a los pobres, sean indios paganos o españoles cristianos.

En 1511 arribaron un grupo de dominicos a Santo Domingo con la misión de comenzar una efectiva evangelización de las Indias. Antón de Montesinos no dudó en criticar a los colonos españoles en su famoso sermón de Adviento de 1511. El fraile amenazó con la excomulgación general si no dejaban de tratar mal y de plantear guerras a los nativos de esas islas. Aquello suponía una gravísima puesta en duda de la ética de la colonización indiana y además con la mano acusatoria de la propia iglesia.

Los detalles del sermón de Montesinos llegaron a Fernando el Católico, quien se dio cuenta de que la legitimidad de la conquista se estaba poniendo en tela de juicio. Por ello convocó la Junta de Burgos con varios teólogos y juristas para que discutiesen desde el punto de vista jurídico y teológico lo que estaba ocurriendo en las Indias. Era la primera vez en la historia que una potencia política y militar se planteaba la ética y justicia de una conquista propia y otros puntos importantes como la humanidad y la libertad de los nativos de esas tierras conquistadas.

Tras varias sesiones, fueron emitidas y sancionadas las Leyes de Burgos de 1512, con “Reales ordenanzas dadas para el buen Regimiento y Tratamiento de los indios” a las que se añadieron al año siguiente varias más en Valladolid. Se reconocía a los indios su condición de hombres libres y titulares de derechos humanos básicos como la libertad y la propiedad. A pesar de ello, algunas situaciones de malos tratos siguieron ocurriendo en las islas antillanas. Más adelante, como se verá, tendrían lugar nuevas disposiciones.

Capítulo destacado es la llamada Escuela de Salamanca. Francisco de Vitoria, filósofo, teólogo, jurista y profesor de la Universidad de Salamanca, fue su creador e inspirador. Vitoria pensaba que el derecho natural estaba por encima de todo, todos los hombres nacen iguales y tienen los mismos derechos, incluso en lo religioso opinaba que no se podía obligar a alguien a aceptar una religión, el individuo ha de elegir y decidir. Criticaba al poder político afirmando que este poder no podía ser impuesto por la violencia. La guerra solo podía ser justa si se utilizaba para obtener la paz y también si alguien no permitía ejercer el derecho natural a otras personas o naciones. Concretamente, en el delicado tema de la conquista Vitoria expresó cuáles eran los títulos justos y cuales los injustos y así se lo hizo saber al rey Carlos I para que los tuviese en cuenta en sus decisiones políticas.